新城的地名由來，乃是清嘉慶年間淡水廳人吳全從蘇澳搭船在花蓮登陸的第一站，為了防禦原住民的侵擾，乃修築堡壘，取名「新城」。爾後不論在羅大春開闢北路蘇花古道或是在日據時期，新城都是重要的駐守點，因為這裡是進出太魯閣及蘇花臨海道的交通樞紐。
1896年，駐紮新城的日本士兵侵犯了玻士林社的少女，引起太魯閣族人的憤怒，赫赫斯社（大禮）和玻士林社頭目率領各社壯丁將駐守的13名日軍官兵全部殺害，史稱「新城事件」。
這13名日軍官兵雖然犧牲，但也開啟了日本人要達成其理蕃政策制定的決心。在1914年當時總督佐久間左馬太發動「太魯閣討伐軍事行動」，正式行使對太魯閣族的治權後，便在今日新城天主堂的位置建造簡單的紀念碑以為紀念，之後又在1937年改興建神社，光復後雖然改為天主堂至今，但濃濃日式風格與建築規模依舊十分鮮明。
如今要探訪神社遺跡，可從排列呈L型的三座鳥居門開始，第一座鳥居少了兩翼，乃是68年中日斷交時被鄉公所鋸斷；第二座及第三座鳥居則多了兩側的柱子，乃是當年天主堂神父唯恐鳥居被拆除所做的掩飾，因為這樣就不像鳥居了，所以得以保存至今。現在看來，實在有點阿Q，但也因此能夠將古物作保留，從結果來看還是好的。
進入第二座鳥居門就是神社的參道，兩旁的石燈籠已經換上新的，但也有舊時的，從外觀的顏色與斑駁風霜便能辨識出來，而走到底的階梯前尚留一對神社的守護靈獸。進入第三道鳥居就可看到神社的基座，如今改為聖母亭的地方，左手邊的涼亭是昔日的手水舍，進入神社參拜前，必須在這裡洗淨雙手及身心，而整顆花崗岩鑿刻的水池，如今被置放在教堂內，成為教徒眼中的聖水。在不同時期，不同的宗教皆賦予它洗滌身心靈的崇高意義，這也算得上是各個宗教殊途同歸的目標。
13名被殺的日軍官兵就葬在這裡，通常在台殉職的日本軍人或警察，一般都會運送回日本，但據說這13位軍官兵因為被太魯閣族出草砍頭，變成屍骨不全，因此就地安葬。豎立的紀念碑還可看見擺在花園的一角，但已經不在原本埋葬的位置上了，碑石正面刻著「殉難將士瘞骨碑」的字樣十分清晰，背後官兵的名字卻已模糊，他們遠渡重洋來到台灣，大概也料想不到自己身後竟然是在他鄉，暫且拋開他們侵略者的角色，從人性角度來看，還是非常傷感的一件事。
