科學史上的師徒關係，無論是名師出高徒，還是青出於藍，一向都讓人津津樂道；但一般不怎麼強調的，乃是師徒之間也有不平順的一面。法國生理學家馬江地與伯納這對師徒的關係，一開始就是如此。

            馬江地對待學生一向嚴厲，就算伯納已經擔任了自己的實驗助手，他在其他實習醫生面前批評起伯納來，仍然不留餘地，弄得生性敏感、自尊心極強的伯納一度想辭職回家，就當個鄉村醫生終老。還好另外有位老師把這個情形告知馬江地，之後馬江地對待伯納就溫和許多，他倆的關係也才大幅好轉。

多年後，伯納以旁觀者的口吻，提及馬江地的對待學生之道：「當滿懷熱情的年輕人初次找上馬江地，陳述他的想法與希望時，通常會遭到馬江地無情的攻擊，而理想幻滅。很多年輕人受不了馬江地的直率言辭，而打退堂鼓；馬江地則認為那是有用的試煉，可以避免往後更多的痛苦與失望。因為走實驗生理學這條路，多的是實驗失敗或結果不如預期的時刻，連口頭上的打擊都不能承受的人，是不配進入這一行的。」這段話其實是夫子自道。

            當年的醫學研究，都是臨床醫生在行醫之餘的嗜好，幾乎沒有專職的研究人員。然而伯納還在醫學院就讀時，就決定以研究作為一生的志業。他從很早開始就隨身攜帶一本筆記，隨時記下所思所想，包括未解的問題、準備進行以及已經進行的實驗等。值得一提的是，他在學生時代的筆記所問的一些問題，像是肝臟除了分泌膽汁外還有什麼功能、神經系統對於體熱有什麼影響、溫血動物如何維持體溫等，都成了往後二十年間伯納的研究主題。

            自 1834 年底進入醫學院起，伯納花了將近九年時間，於 1843 年才完成他的醫學博士（MD）學位；除了臨床的實習訓練外，他還提交了一本博士論文，等於是目前哲學博士（PhD）與 MD 雙博士學位的要求。醫學院畢業後，伯納一本初衷，沒有懸壺開業，反而成為自由兼職的研究人員。他在馬江地的實驗室多待了一年，之後就在自宅建立起實驗室獨立研究，並尋求學院的固定教職，只不過他早期的嘗試都不成功。

    例如 1844 年，醫學院有個解剖與生理的助理教授職位出缺，伯納也加入競爭。然而，遴選委員會的六位委員當中，只有一位外科教授投贊成票給他，其餘都反對；由此可見，當年沒有多少人看好伯納在醫學研究這一行，會混出什麼名堂來。

            伯納早期發表的研究工作，也有許多錯誤之處，好比他研究第七對腦神經的功能，就忽略了味覺的傳遞；還有研究第十一對腦神經對聲帶的控制時，由於拔除神經的方法不當，影響到真正控制聲帶的第十對腦神經，而得出錯誤的結論。然而，科學研究的真諦，就在於從錯誤當中不斷修正，以尋求真相的過程，而不希冀一下就能獲致真理。就算現代的科學研究報告裡，也不乏錯誤的結果與假說，有待新一代的科學家發現，並予以修正或推翻。

            伯納的實驗觸角，除了神經功能外，還旁及胃液的消化作用、肺臟生成體熱的作用、南美箭毒（curare）的作用、肉食與草食對兔子尿液酸鹼性與清澈度的影響，以及胰臟的功能等。由於受限於當時測定方法的欠缺及粗糙，大多數伯納的實驗，以動物手術及觀察為主，加上一些基本的物理及化學測定。

    例如他想要證明之前拉瓦錫（Antoine Lavoisier, 1743-1794）提出的理論：肺臟進行了呼吸氧化作用，因此是體熱的來源；於是，他將兩根溫度計分別從頸動脈及頸靜脈插入馬的左右兩側心室。結果他發現右心室的血液溫度比左心室的稍微高一些，也就是說從心臟送往肺臟的血液溫度，要比從肺臟送回心臟的血液溫度還來得高，因此肺臟不可能是體熱的來源（肺循環是從右心室前往肺，再回到左心室）。

            伯納的專注研究終於有所回報，他的論文於 1847 及 1850 年兩度榮獲法國科學院頒發的實驗生理學獎。1847 年，他入選為法國「樂學社」（Philomathic Society）會員，其中成員都是知名科學家；次年，他與一群年輕的法國科學家成立「生物學會」（Society Biology），並任副會長。1849 年，馬江地提名他獲選騎士榮譽勳位（Chevalier of the Legion of Honor），得以披掛紅色綬帶。

            然而伯納的最大回報，要算 1847 年他接受法國學院聘請，擔任馬江地的代理講師，講授當年給伯納帶來啟蒙的「實驗生理學」。當時馬江地已半退休，一年只開一學期課，其餘課程則由伯納負責；再過五年，馬江地正式退休，全部課程也由伯納接手。對一位幾年前才從醫學院畢業，並不為多數師長看好的伯納而言，這可是莫大的光榮。

    第一回上課，伯納對全體學員說：「我負責講授的『科學醫學』這門學問，目前還不存在。我唯一可做的事，是給未來幾代打下基礎，也就是建立未來科學醫學之所寄的生理學。」這番開場白，正是伯納一生工作的寫照。